Das FMP betreibt Grundlagenforschung in Molekularer Pharmakologie mit dem Ziel neue bioaktive Moleküle zu identifizieren und ihre Wechselwirkung mit ihren biologischen Zielen in Zellen oder Organismen zu charakterisieren. Diese Moleküle dienen als Werkzeuge in der biomedizinischen Grundlagenforschung und können für die Behandlung, Prävention oder Diagnose von Krankheiten weiterentwickelt werden.

Die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler am FMP erforschen biologische Schlüsselprozesse und damit auch Ursachen von Krankheiten auf der Ebene der Moleküle, z.B. Krebs, Alterungsprozesse, darunter Osteoporose und neurodegenerative Erkrankungen. Zudem entwickeln und nutzen sie hochmoderne Technologien, wie beispielsweise Screening-Methoden, NMR-Techniken, Massenspektrometrie und in vivo Modelle.